من الضروري ترتيب وشرح دواعي الاستخدام للعلاج بالبروتونات وذلك بسبب التكلفة والتقدم المستمر في الطرق العلاجية بواسطة العلاج الإشعاعي التقليدي.
في ظل هذا التطور التكنولوجي المستمر، يجب القيام بالاستكشاف التحليلي وإظهار المميزات الخاصة للعلاج بالبروتونات مقارنة بالعلاج بالفوتونات بشكل مستمر، على المستوى الطبي والمجتمعي والمالي.

غالباً ما تُمنح للمرضى الفرصة للانضمام إلى الدراسات البحثية السريرية في إطار العلاج بالبروتونات الخاص بهم.

يُعرض على جميع المرضى الذين تم علاجهم بواسطة العلاج بالبروتونات تسجيل البيانات والمتابعة العلاجية الخاصة بهم في قاعدة بيانات آمنة مشارَكة مع أخصائي العلاج بالإشعاع الخاص بهم.
يتلقى المرضى أيضًا اقتراحات للمشاركة في تجارب بحثية سريرية تحتاج إلى تقوية مستويات دواعي استعمالها.